污水湿地处理的运行管理主要包括设备管理、设施管理、湿地(床)管理和水质监控四个方面。其中设备运转、设施维护与其他污水处理厂的运行管理基本相同。湿地(床)管则主要是湿地植物的管理。以下着重说明芦苇的管理。
1.芦苇管理
(1)种植和生长管理
选择适合当地生长的优良品种，保留两个完整根节为二段，间隔2m栽植。种植季节通常选择在清明前后(气温在10℃以上)。种植后浇水保持湿度，待发芽长高后不断提高水深，以不淹没芽顶为限。为促使根系发育和主根扎深，应周期性停水晒田。
(2)收割
芦苇每年收割一次，收割可将成熟的芦苇连同吸收的营养物和其他成分从湿地田中移出，促使芦苇生根和维持下年度生长和吸收、净化污水中污染物的作用。收割前应停止进水使地面干燥，还要及时清理落下的残枝败叶，并平整士地，铲除凸起部分，填平沟道。收割时应保持留下的芦苇茬在20～30cm，便于冬季运行时支持冰面，也有利于春季发芽生产。
(3)病虫害防治
天然湿地是近年来全球生态环境保护的热点，它们对于缓冲暴雨径流水量、调节气候和提供生物栖息地、降解多种污染物具有重要作用。但人工湿地规模小、生态平衡能力弱，易发生植物病虫害问题，特别是在湿地运行初期应注意采取相应防治措施。
2.日常运行管理
北方地区春季干旱少雨，蒸发量大，芦苇处于发芽和幼苗期，应及时调控进水，防止水量过大淹没苇芽或水量过小形成盐分浓缩伤害苗期发育。
夏季气温高，湿地田前积累的污泥因分解快和供氧不足产生恶臭。如进水有机物浓度较高，可采取出水回流提高流速，冲刷前部积泥，増大前部水深，减轻恶臭问题。
夏、秋季发生暴雨时，注意调节进水量和保持湿地中水流流速在Zui大设计流速范围内，防止因过度冲刷破坏处理田土层。
化方冬季气温低，会影响处理效果。宜在初冻时加大水深，当表面结冰后，芦苇茬支撑冰面，污水在冰下流动。多数情况下，由于污水温度较高，湿地并不结冰或只有湿地后部结冰，应根据监测结果对运行加以调控。
